Briljante doch excentrieke wetenschapper Seth Brundl heeft iets nieuws uitgevonden: een teleporter, waarmee materie verplaatst kan worden van de ene naar de andere plaats. Een experiment met deze materieverplaatsing neemt echter een nachtmerrie-achtige wending wanneer een vlieg plaatsneemt in de apparatuur terwijl Brundle zichzelf probeert te teleporteren.

Op het moment dat Brundle zichzelf teleporteert als demonstratie voor journaliste Veronica Quaife vliegt er net een vlieg de capsule binnen. Na dit experiment is Brundle niet langer dezelfde, en krijgt hij steeds meer eigenschappen van de vlieg. The Fly is niet alleen een ongekend staaltje hartverscheurende lichaamshorror maar ook een meesterlijke liefdestragedie die ons meezuigt in de nachtmerrie van een geniale wetenschapper die tijdens een experiment genetisch fuseert met een vlieg en geleidelijk ontbindt, terwijl tegelijkertijd de liefde tussen hem en Veronica op aan het bloeien is.